El sitio de monitoreo costero Bahia de Agiabampo, se encuentra localizado en los limites de los estados de Sonora y Sinaloa, Actualmente, el sistema lagunar Agiabampo-Bacorehuis se encuentra catalogado como sitio de importancia ecológica Ramsar (sitio Ramsar No. 1797) y las islas dentro del sistema  se encuentran dentro del Área Natural Protegida Islas del Golfo de California (ANP-CONANP). El sitio de monitoreo consiste en una red de sensores para la observacion tanto de variables hidrológicas, parametros fisicoquimicos del agua y flujos de intercambio de carbono y agua entre la superficie y la atmósfera. La torre de flujos de covarianza de vórtices (EC, por sus siglas en inglés, Eddy  Covariance) ubicada en las cercanias de la comunidad de Navopatia mide flujos de intercambio de CO2, H2O y energia entre manglares semiáridos y la atmósfera. El equipo de medicion EC consiste en una torre de 9 metros de altura  instrumentada con un anemómetro sónico 3D y un analizador de gases infrarrojo (IRGA, por sus siglas en inglés) con una frecuencia de muestreo de 10 Hz. De manera simultánea, la torre de flujos monitorea variables meteorologicas a baja frecuencia (30 minutos)  como temperatura y humedad relativa del aire, presión atmosférica, precipitación y radiación neta. Adicionalmente, se cuenta con instrumentación que sigue de cerca la fenologia de los manglares como sensores de indice de vegetacion de diferencia normalizada (NDVI) y termómetros de infrarrojo para medir la  temperatura del dosel. Finalmente, El sitio de Agiabampo cuenta con una red de medición de nivel de mareas ubicados en varios puntos del sistema lagunar costero, así como un perfilador de corrientes de Doppler acústico (ADCP) ubicado en la intersección del Golfo de California y el sistema lagunar de Agiabampo. El sitio de monitoreo costero de Agiabampo es parte de una red a escala nacional operada por el Laboratorio Nacional de Resiliencia Costera (LANRESC) y el Instituto Tecnológico de Sonora.